Natura 2000 permet de financer des études naturalistes pour mieux connaître les espèces présentes sur les sites classés et permettre leur conservation.
Dans le site Natura 2000 de la Haute vallée du Lot, une étude est en cours sur les chauves-souris arboricoles. Toutes protégées, certaines sont rarissimes et il existe très peu d’informations sur leur présence sur ce site. Le bureau d’étude Exen, basé à Vimenet, conduit cette étude à l’aide d’enregistreurs d’ultrasons. L’objectif est de confirmer les espèces présentes dans les forêts de la vallée et de localiser des gîtes. Plusieurs espèces de Noctules, chauves-souris très rares, ont été confirmées, Grande Noctule, Noctule de Leisler et Noctule commune. Mais aussi beaucoup de Pipistrelles, Sérotines, Oreillards, Barbastelles.
Dans le site Natura 2000 du Plateau de l’Aubrac aveyronnais, une seconde étude est en cours sur la ligulaire de Sibérie, espèce remarquable, relique de l’ère glaciaire, protégée et très rare en France. Un état des lieux avait été réalisé en 2015 et une étude similaire est en cours également dans le site Natura 2000 de l’Aubrac lozérien géré par la Communauté de commune. Il s’agit de faire le point sur la présence de cette espèce et son évolution depuis le précédent état des lieux, ainsi que d’homogénéiser son suivi sur l’Aubrac. Le nombre de pieds et de tiges fleuries sont comptabilisés sur les sites où sa présence est connue, ainsi que sur des sites qui pourraient lui être favorables. Les naturalistes Nathalie Blondel-Baur et Benjamin Vivet réalisent ce travail sur le site Natura 2000 aveyronnais.